BioND — Dynamics of Biological Networks

Analyzing Endocytosis by generalized modeling

Elke Zimmer
Diplomarbeit (MSc equiv.) in marine environmental sciences, Carl-von-Ossietzky Universität Oldenburg, 2009.
Published in Der Andere Verlag, Tönning, 2009.
ISBN 978-3-89959-981-7

Abstract

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Die Aufnahme von extrazellulärem Material durch die Zellwand, Endozytose, ist einer der wichtigsten Prozesse, die den Metabolismus aller Lebewesen bestimmen. In der marinen Umwelt spielt Endozytose eine grosse Rolle, weil viele marine Organismen anthropogene Schadstoffe durch Endozytose aufnehmen. Obwohl schon sehr viele detaillierte Informationen über die verschiedenen Prozesse gewonnen werden konnten, sind noch viele Fragen offen. In der vorliegenden Diplomarbeit wird der Ansatz der generalisierten Modellierung verwendet, um grundlegende Erkenntnisse ¨uber die Mechanismen zu gewinnen, die Endozytose beeinflussen. Um die Ergebnisse des Modells mit empirischen Daten vergleichen zu können, wird ein generalisiertes Modell für ein spezielles biologisches System formuliert, das ein ungew¨ohnliches oszillatorisches Verhalten zeigt. Mit dem generalisierten Modell können die grundlegenden Prozesse identifiziert werden, die für die Oszillationen veranwortlich sind. Mit den aus dem generalisierten Modell gewonnenen Ergebnissen wird ein spezifisches Modell aufgestellt, welches die charakteristischen Oszillationen des biologischen Systems reproduziert. Das generalisierte Modell kann demnach verwendet werden, um andere Systeme zu untersuchen, die von Endozytose beeinflusst werden.

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